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por admin publicado 13/06/2018 10h05, última modificação 20/06/2018 11h12

Análise de Dados Biológicos I
Créditos: 3      Carga Horária: 45 horas     Obrigatória: Mestrado
Ementa: Apresentar bases teóricas da estatística para aplicação em Ecologia e Evolução com base nos seguintes tópicos: 1) Medidas de tendência central, medidas de dispersão, testes de normalidade, transformação de dados, correlação, análise de freqüência; 2) Teste t, análise de variância; 3) Análise de regressão simples; 4) Análise de covariância; 5) Análise de regressão múltipla; 6) Análise de poder; 7) Testes não paramétricos.
Bibliografia
Cohen, J. Statistical power analysis for the behavioral sciences. 2ªed. Hillsdale, Lawrence Erlbaum Associates. 1988.
Gomes, A.G. & Varriale, M.C. Modelagem de ecossistemas: uma introdução. Editora UFSM. 2001.
Gotelli, N.J. & Ellison, A.M. Princípios de estatística em ecologia. Artmed. 2011
Manly, B.J.F. Métodos estatísticos multivariados. 3ª Ed. Artmed, Bookman. 2008.
Mingoti, S.A. Análise de dados através de métodos de estatística multivariada uma abordagem aplicada. Editora UFMG. 2005.
Pagano, M. & Gauvreau, K. Princípios de bioestatística. CENGAGE Learning. 2012
Sokal, R. R. & Rohlf, F. J. Biometry. 3ªed. New York, Freeman. 1995.
Valentin, J.L. Ecologia númerica uma introdução à análise multivariada de dados ecológicos. Editora Interciência. 2000.
Vieira, S. Bioestatística tópicos avançados. Editora Campus. 2003.
Zar, J. H. Biostatistical analysis. 4ªed. Upper Saddle River, Prentice Hall. 1999.

Biologia Evolutiva
Créditos: 3     Carga Horária: 45 horas    Obrigatória: Mestrado e Doutorado
Ementa: Proporcionar conhecimentos sobre os processos evolutivos nas populações e fatores ambientais (bióticos e abióticos) que contribuem para a origem e manutenção da diversidade biológica com base nos seguintes tópicos: 1) Seleção natural, deriva genética, aptidão darwiniana, adaptação e especiação; 2) Demandas conflitantes, crescimento, longevidade, reprodução, idade, tamanho na maturidade, número x tamanho de descendentes, senescência, restrições Filogenéticas; 3) Ecologia Comportamental; 4) Seleção Sexual (Sistemas de Acasalamento, Cuidado Parental). 5) Interações ecológicas; 6) Evolução e conservação biológica; 7) Organização da evolução e variação morfológica e padrões de especiação, usando caracteres morfológicos, moleculares e temporais.
Bibliografia
Arthur W. The origin of animal body plans: a study in evolutionary developmental. Biology Cambridge University Press. 2000.
Alcock, J. Comportamento animal: uma abordagem evolutiva. Artmed, Porto Alegre. 2010.
Begon, M.; Mortimer, M. & Thompson, D. J. Population ecology, 3ªed. Blackwell, Oxford. 1996.
Begon, M.; Townsend, C.R. & Harper, J.L. Ecologia: de indivíduos a ecossistemas, 4 ed. Artmed, PortoAlegre. 2007.
Danchin, E.; Giraldeau, L. A. & Cézilly, F. Behavioural ecology: an evolutionary perspective on behaviour. Oxford University Press, Cambridge. 2008.
Del-Claro, K. Introdução à ecologia comportamental. Technical Books, Rio de Janeiro. 2010.
Fox, C. W.; Roff, D. A. & Fairbairn, D. J. Evolutionary ecology: concepts and case studies. Oxford University Press, New York. 2001.
Freeman, S. & Herron, J.C. Análise evolutiva. 4ªed. Artmed. 2009.
Futuyma, D. J. Biologia evolutiva, 3ªed. FUNPEC, Ribeirão Preto. 2009.
Krebs, J. R. & Davies, N. B. Introdução à ecologia comportamental. Atheneu. 1996.
Raff R.A. & T.C. Kaufman. Embryos, genes, and evolution: developmental-genetic basis of evolutionary change. Indiana University Press. 1991.
Ricklefs, R.E. & Miller, G.L. Ecology. W. H. Freeman & Co., New York. 1999.
Ridley, M. Evolução, 3 ed. Porto Alegre: Artmed. 2006.

Biogeografia
Créditos: 3       Carga Horária: 45 horas  Obrigatória: Mestrado e Doutorado
Ementa: Apresentar os principais aspectos da história do conhecimento biogeográfico, das principais escolas contemporâneas de biogeografia e reconstituir a história evolutiva das biotas com base nos seguintes tópicos: 1) Biota atual e seus componentes históricos; 2) Principais conceitos relativos à evolução do pensamento em biogeografia, estudo da geografia, clima e biota; 3) Conhecimento da geografia atual e passada do planeta e sua histórica climática; 4) Informações climáticas e suas relações com a distribuição de organismos e biomas em diferentes escalas.
Bibliografia
Anderson, D.E.; Goudie, A.S. & Parker, A.G. Global Environments Through the Quaternary. Exploring Environmental Change. Oxford University Press, Oxford e Nova Iorque. 2007.
Behrensmeyer, A.K. et al. Terrestrial Ecosystems Through Time. Evolutionary Paleoecology of Terrestrial Plants and Animals. The University of Chicago Press, Chicago e Londres. 1992.
Bonan, G. Ecological Climatology. Concepts and Applications. Cambridge University Press, Cambridge. 2002.
Breckle, S.W. Vegetation of the world. The ecological systems of the geo-biosphere. Springer Verlag, Berlim, Nova Iorque. 2002.
Brown, D.A.; Gersmehl, P.J. & Ziegler, S.S. Alternative biogeographies of the global garden. The Human Footprint. Kendall/Hunt Publishing Co. 2007.
Carvalho, C. J. B. & Almeida, E. A. B. Biogeografia da América do Sul. Padrões e Processos. Roca, São Paulo. 2011.
Cox, C.B. & Moore, P.D. Biogeography. an ecological and evolutionary approach. Eighth edition. John Wiley & Sons Inc., New Jersey. 2010.
Crowley, T.J. & North, G.R.Paleoclimatology. Oxford Monographs on Geology and Geophysics 18, Oxford University Press, Nova Iorque e Claredon Press, Oxford. 1991.
Fagan, B. The great warming: climate change and the rise and fall of civilizations. Bloomsbury Press. 2008.
Lomolino, M.V.; Brett, R.R.; Whittaker, R.J. & Brown, J. H. Biogeography. Fourth edition. Sinauer Associates, Sunderland. 2010.
Lomolino, M.V.; Sax, D.F. & Brown, J.H. Foundations of biogeography: classic papers with commentaries. University of Chicago Press, Chicago. 2004.

Análise de Dados Biológicos II
Créditos: 3       Carga Horária: 45 horas   Obrigatória: Doutorado
Ementa: Apresentar métodos avançados de modelagem estatística em biologia e ecologia com base nos seguintes tópicos: 1) Modelos lineares gerais e métodos de seleção de modelos com base na teoria da informação de Akaike; 2) Modelo linear generalizado (conceito, estimação, teste de hipótese, técnicas de diagnóstico); 3) Modelos lineares e generalizados mistos; 4) Seleção de modelos em Ecologia e Evolução.
Bibliografia
Bolker, B.M. Ecological models and data in R. Princeton University Press, Oxford. 2008.
Burnham, K.P. & Anderson, D.R. Model selection and multimodel inference: a practical information-theoretic approach. Springer. 2010.
Crawley, M.J. The R book. 2ªed. Jonh Wiley & Sons, Ltd. 2013.
McCullogh, C.E.& Searle, S.R. Generalized, linear, and mixed model. John Wiley, New York. 2001.
Morettin, P. A. Análise de séries temporais. São Paulo: Edgard Blücher. 2006.
Otto, S.P. & Day, T. A biologist's guide to mathematical modelling in ecology and evolution. Princenton, Princenton University Press. 2007.
Paulino, C.D.; Amaral-Turkman, M.A. & Murteira, B. Estatística Bayesiana. Lisboa: Fundação Calouste Gulbenkian. 2003.
R Development Core Team. R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria. 2008
Royall, R. M. Statistical evidence: a likelihood paradigm. London, Chapman and Hall. 2000.
Zuur, A.F.; Ieno, E.N.; Walker, N.J.; Saveliev, A.A. & Smith, G.M. Mixed effects models and extensions in ecology with R. Springer. 2009.

Geotecnologias Aplicadas à Biodiversidade
Créditos: 3       Carga Horária: 45 horas   Obrigatória: Doutorado
Ementa: Formar conhecimentos aplicados a análise da biodiversidade com base nos seguintes tópicos: 1) Noções de Cartografia para geoprocessamento; 2) Introdução ao geoprocessamento e princípios físicos de sensoriamento remoto;3) Comportamento espectral de alvos; formação de imagens de sensoriamento remoto; 4) Tipos de sensores, satélites e suas aplicações; 5) Introdução ao processamento digital de imagens; MNT; Obtenção de dados, TIN, Declividade,
Altimetria, Orientação de vertentes; 5) Hidrografia, extração de bacias hidrográficas, 6) Geração de buffer; integração de dados de sensoriamento remoto e dados ambientais; 7) Dados cadastrais, interpoladores, operações aritméticas entre mapas; 8) Introdução a geoestatística.
Bibliografia
Burrough, P.A. & McDonell, R. Principles of geographical information systems. Oxford University Press. 1998.
Jensen, J.R. Sensoriamento remoto do ambiente: uma perspectiva em recursos terrestres. São José dos Campos, SP: Parêntese. 2009.
Meneses, P.R. & Almeida, T. Introdução ao processamento de imagens de sensoriamento remoto. EDUSP. 2012.
MONICO, J.F.G. Posicionamento pelo NAVSTAR GPS: Descrição, fundamento e aplicação.São Paulo: Editora UNESP. 2000.
Moreira, M.A. Fundamentos de sensoriamento remoto e metodologias de aplicação. 4ªed., Editora UFV. 2011.
Novo, E.M.L.M. Sensoriamento remoto: princípios e aplicações. 3ªed. São Paulo: Edgard Blucher. 2008.
Ponzoni, F.J.; Shimabukuro, Y.E. & Kuplich, T.M. Sensoriamento remoto no estudo da vegetação. 2ª ed. Editora Parêntese. 2012.
Silva, R.A.; Pires, E.V.R.; Izippato, F.J. & Mirandola, P.H. geotecnologias aplicadas na identificação de APP (Área de Proteção Permanente) de nascentes no corrego das cruzes Selvíria (MS). Fórum Ambiental da Alta Paulista, v.7, n.2, p.1-15. 2011.
Smith, C.S.; McDonald, G.T. & Thwaites, R.N. TIM: Assessing the sustainability of agricultural land management. Journal of Environmental Management, v.60, p.267-288. 2000

Mudanças Ambientais e Diversidade Biológica
Créditos: 4       Carga Horária: 60 horas   Obrigatória: Doutorado
Ementa: demonstrar os conceitos ecológicos que embasam as estratégias conservacionistas em prol da conservação da biodiversidade com base nos seguintes tópicos: 1) Princípios conservacionistas aplicados a diferentes níveis de diversidade biológica; ameaças à biodiversidade; Políticas e estratégias de conservação da biodiversidade; 2) Diversidade Biológica: conceitos e medições; 3-Padrões de diversidade global; extinção e destruição de habitat; 4) Fragmentação, degradação e poluição de habitat; 5) Introdução de espécies exóticas; 6) Dispersão de doenças e problemas de pequenas populações (populações mínimas viáveis); 7) Estratégias de conservação Ex Situ; 8) Prioridades para proteção, Planejamento e manejo de áreas protegidas (SNUC); 9) Conservação de redes ecológicas de interações mutualistas e antagonistas e o uso de filogenias em estratégicas de conservação.
Bibliografia
Begon, M.; Harper, J. L. & Townsend, C. R. Ecologia - de indivíduos a ecossistemas. Artmed. 2007.
BRASIL.MMA. Mudanças Climáticas Globais e Efeitos sobre a Biodiversidade. In: Nobre,C. et al . Relatório n. 6: Mudanças Climáticas e possíveis alterações nos Biomas da América do Sul. SBF/DCBio. 2007.
Kormondy, E.J. & Brown, D.E. Ecologia humana. Atheneu. 2002.
Lewinsohn, T.M. & Prado, P.I. Biodiversidade brasileira. Contexto, São Paulo. 2004.
Marengo, J.A. Mudanças climáticas globais e seus efeitos sobre a biodiversidade caracterização do clima atual e definição das alterações climáticas para o território brasileiro ao longo do século XXI. Ministério do Meio Ambiente/Secretaria de Biodiversidade e Florestas. Brasília: MMA. 2006.
Meffe, G.K. & Carroll, C.R. Principles of conservation biology, 3 ed. Sinauer, Sunderland. 2006.
Primack, R.B. & Rodrigues, E. Biologia da conservação. Planta, Londrina. 2006.
Ricklefs, R.E. A economia da natureza, 5ª ed. Guanabara, Rio de Janeiro. 2003.
Rocha, C.F.D.; Bergallo, H.G.; Van Sluys, M. & Alves, M.A.S. Biologia da conservação: essências. Rima, São Carlos. 2006.
Towsend C. R.; Begon, M. & Harper, J. L. Fundamentos em ecologia, 2ªed., Artmed. 2006.

Avanços em Sistemática Vegetal e de Fungos
Créditos: 3       Carga Horária: 45 horas   Optativa: Mestrado e Doutorado
Ementa: Apresentar e discutir as teóricas e métodos aplicados à Sistemática Vegetal moderna com base nos seguintes tópicos: 1) História de classificação; 2) Taxonomia e evolução dos grandes grupos vegetais atuais; 3) Nomenclatura botânica; 4) Uso de dados moleculares para reconstrução filogenética; 5) Chaves interativas; 6) Visão crítica dos mais recentes métodos aplicados à sistemática vegetal moderna; 7) Introdução a micologia; 8) Morfologia, fisiologia e classificação dos fungos amazônicos; 9) Sistemática e taxonomia de fungos; 10) Análise filogenética de fungos.
Bibliografia
Deacon, J.W. Fungal Biology. 4th ed. Malden, MA: Blackwell Publishers. 2005.
Forzza, R.C. et al. Catálogo de plantas e fungos do Brasil. Rio de Janeiro: Andrea Jakobsson Estúdio : Instituto de Pesquisas Jardim Botânico do Rio de Janeiro, v.2. 2010.
Hibbett, D.S. et al. A higher-level phylogenetic classification of the Fungi. Mycological Research, 111: 509-547. 2007.
Judd, W. S.; Campbell, C. S.; Kellogg, E. A.; Stevens, P. F. & Donoghue, M. J. Plant Systematics. A Phylogenetic Approach, 3rd ed. Sinauer Assoc., Sunderland .2007.
Raven, P.H.; Evert, R.F. & Eichhorn, S.E. Biologia vegetal. Editora Guanabara Koogan: Rio de Janeiro. 2001.
Salvi, M.B. Fungos basidiomicetos em biorremediação. EDUSP. 2011.
Soltis, D.E.; Soltis, P.S.; Endress, P.K. & Chase, M.W. Phylogeny and evolution of angiosperms. Sinauer Assoc., Sunderland. 2005.
Sotao, H.M.P. et al. Fungos Macroscópicos da Floresta Nacional de Caxiuanã, Pará, Brasil: Basidiomycota (Agaricomycetes). In: Lisboa, P.L.B. (Org.). Caxiuanã: desafios para a conservação de uma floresta nacional na Amazônia. Belém: Museu Paraense Emílio Goeldi. 2009.
Stuessy, T.F.; Hörandl, E. & Mayer, V. Plant systematics: a half-century of progress (1950-2000) and future chalenges. IAPT, Viena. 2001.
Wiley, E. O. & Lieberman, B. S. Introduction in phylogenetics: theory and practice of phylogenetic Systematics. Second Edition, John Wiley & Sons, Inc., Hoboken, NJ, USA. 2011.

Avanços em Sistemática Zoológica
Créditos: 3       Carga Horária: 45 horas   Optativa: Mestrado e Doutorado
Ementa: Apresentar e discutir as teóricas e métodos aplicados à Sistemática animal, a biologia evolutiva e ao da biodiversidade animal com base nos seguintes tópicos: 1) Importância do treinamento em Sistemática; 2) História da Sistemática; 3) A ciência Sistemática; 4) As escolas da Sistemática (Sistemática Evolutiva, Sistemática Filogenética, Sistemática Numérica); 5) Conceitos de Espécie (Biológico,Evolutivo,Filogenético); 6) Taxonomia (Caracteres taxonômicos, Interpretação dos caracteres taxonômicos, Coleções Zoológicas, Código de Nomenclatura Zoológica; 7) Sistemática Filogenética; 8) Uso de dados moleculares para reconstrução filogenética.
Bibliografia
Amorim, D.S. Fundamentos de Sistemática Filogenética. Editora Holos. 2002.
Brandão, C.R.F.; Cancello, E.M. & Yamamoto, C.I. Avaliação do estado do conhecimento da diversidade biológica do Brasil. Invertebrados terrestres versão preliminar. MMA. 2000.
ICZN. International Code of Zoological Nomenclature. The International Trust For Zoological
Nomenclature. The Natural History Museum. London. 1999.
Lewinsohn, T.M. & Prado, P.I. Biodiversidade brasileira: síntese do estado atual do conhecimento. Editora Contexto, São Paulo. 2002.
Marques, A.C. & Lamas, C.J.E. Taxonomia zoológica no Brasil: estado da arte, expectativas e sugestões de ações futuras. Papéis Avulsos de Zoologia, v.46, n.13, p. 139-174. 2006
Mayr, E. Biologia, ciência única. Companhia das Letras, São Paulo. 2006.
Migotto, A.E. & Marques, A.C. Avaliação do estado do conhecimento da diversidade biológica do Brasil. Invertebrados marinhos versão preliminar. MMA. 2003.
Nelson, G. & Platnick, N. I. Systematics and biogeography: Cladistics and vicariance. Columbia University Press, New York. 1981.
Sabino, J. & Prado, P.I. Avaliação do estado do conhecimento da diversidade biológica do Brasil. Vertebrados versão preliminar. MMA. 2003.
Schuh, R.T. Biological Systematics. Cornell University Press, Ithaca. 2000.

Bases Paleontológicas da Evolução
Créditos: 3       Carga Horária: 45 horas   Optativa: Doutorado
Ementa: Apresentar fundamentos teóricos e práticos sobre a origem e evolução da vida através do tempo geológico; compreender os processos geológicos relacionados a preservação do registro da biota nos estratos sedimentares (Tafonomia); compreender a relação da evolução da biota com eventos geológicos (tectônica de placas, eustasia, etc.), com parâmetros paleoambientais e paleoclimáticos em diferente escala geográfica (local, regional, global) e temporal.
Bibliografia
Allison, P.A. & Briggs, D.E. Taphonomy: releasing the Data Locked in the fossil Record. Ed. Plenum Press. New York. 1991.
Araújo Júnior, H.I. & Porpino, K.O. Análise da abordagem do tema paleontologia nos livros didáticos de biologia. Anuário do Instituto de Geociências, v.33, p.63-72. 2010.
Carvalho, I.S. Paleontologia. 1º Ed., vol.1 e 2. Ed. Interciência. Rio de Janeiro. 2011.
Carvalho, I.S. Paleontologia. 2º Ed., vol.1 e 2. Ed. Interciência. Rio de Janeiro. 2004.
Carvalho, I.S. Paleontologia. 3º Ed., vol.1 e 2. Ed. Interciência. Rio de Janeiro. 2000.
Carvalho, I.S.; Garcia, M.J.; Lana, C.C. & Strohschoen, O.Jr. Paleontologia: cenários da vida- Paleoclimas. vol.5. Editora Interciência. 2014.
Holz, M. & Simões, M.G. Elementos fundamentais de tafonomia. Ed. Universidade/UFRGS. 2000.
Mendes, J.C. Paleontologia Básica. Editora da Universidade de São Paulo. 1988.
Rocha, R.B. Paleontologia e evolução a problemática da espécie em paleozoologia. Ciências da Terra (UNL), v.17, p.53-72. 2010.
Simões, M.G. & Holz, M. Tafonomia: processos e ambientes de fossilização. Paleontologia. v.1. Interciência. 2004.

Ecologia de Paisagem
Créditos: 3       Carga Horária: 45 horas   Optativa: Mestrado e Doutorado
Ementa: Promover a análise, a prospecção e determinar impactos dos cenários atuais a partir dos padrões de diversidade biológica com base nos seguintes tópicos: 1) Análise de paisagem, conceitos de paisagem, estrutura de paisagem (manchas, corredores, matriz), índices de paisagens; 2) Contribuição interdisciplinar aos modelos de paisagem; 3) Modelos de paisagem; 4) Métodos de construção, parametrização e geoprocessamento de modelos de dinâmica de paisagem; 5) Métodos de comparação e validação de modelos espaciais de paisagem; 6) Aplicações no estudo da biodiversidade e meio ambiente.
Bibliografia
AbSáber, A.N. Domínios de Natureza no Brasil: potencialidades paisagísticas. 6ªed., Ateliê Editorial. 2011.
Antoci A.; Borghesi, S. & Russu, P. Biodiversity and economic growth: Trade-offs between stabilization of the ecological system and preservation of natural dynamics. Ecological Modelling, v.189, v.333-346. 2005.
Blaschke, T. & Lang, S. Análise da paisagem. Editora Oficina de textos. 2013.
Brandão, C.A. Território e desenvolvimento: múltiplas escalas entre o local e o global. Editora UNICAMP. 2007.
Cavalcanti, L.C.S. & Corrêa, A.C.B. Problemas de hierarquização espacial e funcional na ecologia da paisagem: uma avaliação a partir da abordagem ecossistêmica. Geosul, v.28, n.55, p.143-162. 2013.
Filho, B.S.S. Análise de paisagem: fragmentação e mudanças. UFMG. 1998.
Honrado, J.; Gonçalves, J.; Lomba, A. & Vicente, J. Ecologia da paisagem e biodiversidade: da investigação à gestão e à conservação. Ecologi@, v.5, p.36-51. 2012.
Magurran, A.E. Measuring biological diversity. Blackwell Science. 2004.
Silva,G.A.V. Manual de avaliação e monitoramento de integridade ecológica, com uso de bioindicadores e ecologia de paisagem. Nazaré Paulista: ESCAS/IPÊ. 2010.
Turner, M.G.; Gardner, R.H. & O'neill, R.V. Landscape ecology in theory and practice - pattern and process. Springer-Verlag, New York. 2001.

Evidências Morfológicas Aplicadas a Sistemática e Taxonomia
Créditos: 3       Carga Horária: 45 horas   Optativa: Doutorado
Ementa: Proporcionar conhecimentos sobre os principais caracteres morfológicos e aspectos evolutivos na sistemática e taxonomia de animais e plantas com base nos seguintes tópicos: 1) Introdução: desenvolvimento da Sistemática, com ênfase na situação do Brasil; 2) Importância da Sistemática moderna na conservação biológica; 3) Evolução recente da integração da Sistemática com outras disciplinas; 4) Papel das coleções biológicas na Sistemática: ontem, hoje e amanhã; 5) As coleções biológicas e a Sistemática associada no Brasil situação atual, limitações para o crescimento e prerrogativas para aprimoramento; 7) Estruturas evolutivas nos seres vivos; 8) Adaptações morfológicas e o meio ambiente.
Bibliografia
Angiosperm Phylogeny Group. An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG II. Botanical Journal of the Linnean Society, v.141, p.399-436. 2003.
Barbosa, M.R.V. & Peixoto, A.L. Coleções botânicas brasileiras: situação atual e perspectivas. In Peixoto, A.L. (org.) Coleções biológicas de apoio ao inventário, uso sustentável e conservação da biodiversidade. Instituto de Pesquisas Jardim Botânico do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro. 2003.
Carroll, S.B. Infinitas formas de grande beleza: como a evolução forjou a grande quantidade de criaturas que habitam nosso planeta. 1ªed. Rio de Janeiro. 2006.
Fitzhugh, K. The requirement of total evidence and its role in phylogenetic systematics. Biology and Philosophy, Springer Press, Los Angeles. 2006.
Holmgren, P.K. & Holmgren, N.H. & Barnett, L.C. Index Herbariorum. Part I: the herbaria of the world. 9ª ed. New York Botanical Garden, New York. 2002.
Judd, W.S.; Campbell, C.S.; Kellog, E.A., Stevens, P.F. & Donoghue, M.D. Plant Systematics. A phylogenetic approach. Ed. 2. Sinauer Associates, Sunderland. 2002.
Miyaki C.Y., Russo, C.A.M. & Pereira, S.L. Reconstrução filogenética. Introdução e o método da máxima parcimônia. Biologia Molecular e Evolução. Holos Editora, Ribeirão Preto. 2001.
Ney, M. & Kumar, S. Molecular evolution and phylogenetics. Oxford University Press, New York. 2000.
Santos, C.M.D. & Calor, A.R. Using the logical basis of phylogenetic as the framework for teaching biology Papéis Avulsos de Zoologia, v.48, n.18, p.199-211. 2008.
Smith, N., Mori, S.A., Henderson, A., Stevenson, D.W. & Heald, S.V. Flowering plants of the Neotropics. Princeton University Press, Princeton. 2004.

Experimentação e Análise de Biodiversidade em campo
Créditos: 3       Carga Horária: 45 horas   Optativa: Mestrado e Doutorado
Ementa: Demonstrar em campo as aplicações e observações de fatos, formulações de questões, registros de dados, descrições e delineamentos experimentais com base nos seguintes tópicos: 1) Revisão de conceitos teóricos; 2) Planejamento de expedições; 3) Práticas de campo, definição dos projetos de pesquisa, coleta de dados e/ou de material biológico; 4) Experimentação e elaboração de hipóteses e modelos; 5) Análises moleculares do material coletado; 6) Análise dos dados, elaboração e apresentação de relatórios.
Bibliografia
Altmann, J. Observational study of behavior: sampling methods. Behavior, v.49, p.227-265. 1974.
Bridson, D. & Forman, L. The herbarium handbook, 3ªed., Royal Botanic Gardens, Kew. 1988.
Knudsen, J. W. Biological techniques: collecting, preserving, and illustrating plants and animals. Harper Row, New York. 1966.
Krebs, C.J. Ecological methodology, 2ª ed. Benjamin Cummings, Menlo Park. 1989.
Ludwig, J. A. & Reynolds, J. F. Statistical ecology: a primer in methods and computing. John Wiley Sons, New York. 1988.
Magurran, A.E. Measuring biological diversity. Blackwell, Malden. 2003.
Martin, P. & Bateson, P. Measuring behaviour: an introductory guide. 3ª ed. Cambridge University Press, Cambridge. 2007.
Metsger, D.A. & Byers, S.C. Managing the modern herbarium: an interdisciplinary approach. Society for Preservation of Natural History Collections. 1999.
Underwood, A.J. Experiments in ecology: their logical design and interpretation using analysis of variance. Cambridge University Press, Cambridge. 1997.
Zar, J. H. Biostatistical analysis, 5ª ed. Prentice Hall, Englewood Cliffs. 2009.

Diversidade Biológica e Estrutura Funcional de Comunidades em R
Créditos: 3       Carga Horária: 45 horas   Optativa: Doutorado
Ementa: Discutir as bases teóricas e metodológicas para a pesquisa na fronteira do conhecimento da diversidade biológica e da ecologia funcional com base nos seguintes tópicos: 1) Biodiversidade: definições e funcionalidades; 2) Atributos biológicos e funcionais; 3) Atributos-resposta e atributos-efeito; 4) Estrutura funcional de comunidades; 5) Métricas de estrutura e diversidade funcional; 6) Regras de assembléia: convergência e divergência de caracteres; 7) Atributos funcionais como indicadores de alterações ambientais; 8) Análise de dados envolvendo comunidades, atributos funcionais e dados ambientais.
Bibliografia
Diniz-Filho, J.A.; Cianciaruso, M.V.; Rangel, T.F. & Bini, L.M. Eigenvector estimation of phylogenetic and functional diversity. Functional Ecology, v.25, p.735-744. 2011.
Laliberté, E. & Legendre, P. A distance-base framework for measuring functional diversity from multiple traits. Ecology, v.91, p.299-305. 2010.
Mason, N.W.H.; De Bello, F.; Mouillot,D.; Pavoine, S. & Dray, S. A guide for using funcional diversity indices to reveal changes in assembly processes along ecological gradients. Journal of Vegetation Science, v.24, p.794-806. 2013.
McGill, B.J.; Enquist, B.J.; Weiher, E. & Westoby, M. Rebuilding community ecology from functional traits. Trends in Ecology and Evolution, v.21, p.178-185. 2006.
Mouchet, M.A.; Villéger, S.; Mason, N.W.H. & Mouillot, D. Functional diversity measures: an overview of their redundancyand their ability to discriminate community assembly rules. Functional Ecology, v.24, p.867-876. 2010.
Mouillot, D.; Graham, N.A.J.; Villéger, S.; Mason, N.W.H. & Bellwood, D.R. A functional approach reveals community responses to disturbances. Trends in Ecology and Evolution, v.28, p.167-177. 2013.
Petchey, O.L. & Gaston, K.J. Dendrograms and measuring functional diversity. Oikos, v.116, p.1422-1426. 2007.
Pillar, V.D.; Duarte, L.S.; Sosinski, E.E. & Fernando, J. Discriminating trait-convergence and trait-divergence assembly patterns in ecological communities gradients. Journal of Vegetation Science, v.20, p.334-348. 2009.
Schleuter, D.; Daufresne,M.; Massol, F. & Argillier, C. A user's guide to functional diversity indices. Ecological Monographs, v.80, p.469-484. 2010.
Villéger, S.; Mason, N.W.H. & Mouillot, D. New multidimensional functional diversity indices for a multifacted framework in functional ecology. Ecology, v.89, p.2290-2301. 2008.

Filogeografia
Créditos: 3       Carga Horária: 45 horas   Optativa: Mestrado e Doutorado
Demonstrar conhecimentos básicos para fundamentar a filogeografia sob uma perspectiva histórico populacional com base nos seguintes tópicos: 1) histórico e conceitos básicos da filogeografia; 2) abordagens frequencistas e filogeográficas; 3) abordagens genealógicas e teoria da Coalescência; 4) Métodos de Análises filogeográficas; 5) Processos Demográficos e divergência entre linhagens.
Bibliografia
Avise, J.C. Phylogepgraphy. The history and formation of species. Havard University Press, London. 2000.
Avise, J.C. Molecular Markers, Natural History, and Evolution. 2ªed., Chapman & Hall. NewYork, USA. 2004.
Cox, C.B. & Moore, P.D. Biogeography. An ecological and evolutionary approach. 7ªed., Blackwell Pub. Oxford, UK. 2005.
Dantas, G.P.M. Introdução à filogeografia aplicada à conservação biológica de vertebrados neotropicais. Editora CVR. 2013.
Felsenstein, J. Inferrring phylogenies. Sinauer Associates Inc., Sunderland, Massachussetts,USA. 2004.
Hartl, D.L. & Clark, A.G. Principles of population genetics. 3ªed. Sinauer Associates Inc.,Sunderland, Massachussetts, USA. 1997.
Hall, B. G. 2007. Phylogenetic trees made easy: a how-to manual. Third edition. Sinauer Press.
Hartl, D.L. & Clark AG. Princípios de Genética de População. 4ªed., Artmed. 2010.
Hein, J.; Schierup, M.H. & Wiuf, C. Gene genealogies, variation and evolution. A primer on coalescent theory. Oxford Univeristy Press, Oxford UK. 2005.
Hillis, D.M.; Moritz, C. & Mable, B.K. Molecular systematic. 2ª ed. Sinauer Associates Inc.,Sunderland, Massachussetts, USA. 1996.
Lemey, P., M. Salemi & A. Vandamme. 2009. The Phylogenetic handbook: a practical approach to phylogenetic analysis and hypothesis testing. Cambridge University Press.
Nei, M. & Kumar, S. Molecular evolution and phylogenetics. Oxford University Press, Oxford,UK. 2000.

Introdução à Linguagem R
Créditos: 3       Carga Horária: 45 horas   Optativa: Mestrado e Doutorado
Ementa: 1) Introdução: O que é o R. História do R. Instalando o R. Instalando pacotes. Usando o R. R scripts. Editores para o R. Pacotes; 2) Objetos R: vetores atômicos, atributos no R; coerção no R; listas, data frames. 4) Obtendo dados no R: Primeiros passos. Leitura e gravação de dados; 3) Como acessar variáveis e manipulação de dados no R; 4) Funções básicas no R e sua aplicação; 5) Ciclos e Funções: Introdução a ciclos. Funções; 6) Notação no R; modos de indexação, operadores Booleanos; 7) Ambientes R(ambiente ativo, regras de investigação, atribuição, avaliação). 7) Introdução às ferramentas básicas para gráficos: função plot. Símbolos, cores e tamanho dos caracteres; 8) Ferramentas gráficas: Pie Chart, Bar Chart, Strip Chart, Boxplot, Cleveland dotplots, plot, pairplot, coplot; 9). Introdução ao pacote ggplot2 (funções gráficas high-level); 10) Erros comuns no R (problemas para importar dados, uso da função attach, etc.).
Bibliografia
Braun, W.J.; Murdoch, D.J. 2008. A first course in Statistical Programming with R.Cambridge University Press, 172 pp.
Chambers, J.M. 2004. Programming with Data: A Guide to the S Language. Springer, 469 pp.
Crawley, M.J. 2013.The R Book. Second Edition. Jonh Wiley & Sons, Ltd. 1051 pp.
Dalgaard, P.  2002. Introductory Statistics with R. Springer. 265pp.
ZUUR, A.F.; Ieno, E.N.; Meesters, E.H.W.G. 2009. A beginner's Guide to R. Springer.  218 pp. SPECTOR, P. 2008. Data Manipulation with R. Springer. 152 pp.
Peternelli, L.A. & M.P. Mello. 2012. Conhecendo o R. Uma visão estatística. Editora da UFV. 
Venables, W. e B.D. & Ripley. 2004. S Programming. Springer, 400 pp.  

Redação e Comunicação Científica
Créditos: 3       Carga Horária: 45 horas   Optativa: Mestrado e Doutorado
Ementa: Formar pensamento crítico e aplicado sobre os mecanismos de redação científica e suas estratégias de comunicação e socialização com base nos seguintes tópicos: 1) Método científico, hipóteses e teorias; 2) Elaboração de projeto de pesquisa; 3) Ética e autoria em textos científicos; 4) Seções de um texto científico; 5) Redação de textos científicos; 6) Divulgação científica, qualidade de produção e importância de escrever; 7) Meios de divulgação e publicação; processo de revisão do texto; 8) Algumas regras das línguas portuguesa e inglesa.
Bibliografia
Abrahamsohn, P. Redação Científica. Rio de Janeiro, Guanabara Koogan. 2004.
Associação Brasileira de Normas Técnicas. NBR 14724: Informação e documentação trabalhos acadêmicos; apresentação. Rio de Janeiro. 2011.
Cargill, M. & OConnor, P. Writing Scientific Research Articles strategy and steps. Oxford, Wiley- Blackwell. 2009.
Gustavii, B. How to write and illustrate a scientific paper. 2ªed., Cambridge University Press. 2008.
Katz, M. J. From research to manuscript a guide to scientific writing. 2ªed. New York, Springer. 2009.
Leta J. & Cruz, C.H.B. A produção científica brasileira. In: Viotti, E.B. & Macedo, M.M. (org). Indicadores de ciência, tecnologia e inovação no Brasil. Campinas/SP: Ed. UNICAMP. 2003.
Malavoy, S. Guia prático de divulgação científica. Rio de Janeiro: Casa de Osvaldo Cruz. 2005.
Población D.A.; Witter, G.P. & Modesto da Silva, J. F. Comunicação e produção científica: contexto, indicadores, avaliação. São Paulo, Angellara. 2006.
Sarmento e Souza, M.F.; Foresti, M.C.P.P. & VIDOTTI, S.A.B.G. Periódicos científicos eletrônicos: critérios de qualidade, mudanças no processo de comunicação científica e a alternativa dos repositórios institucionais. In: Vidotti, S.A.B. (org.). Tecnologia e conteúdos informacionais: abordagens teóricas e práticas. São Paulo: Polis. 2004.
Volpato, G. Bases Teóricas para Redação Científica - por que seu artigo foi negado?. São Paulo, Editora Cultura Acadêmica. 2007.

Técnicas de Ordenação e Classificação
Créditos: 3       Carga Horária: 45 horas   Optativa: Doutorado
Ementa: Apresentar métodos multidimensionais de análise exploratória de dados com
base nos seguintes tópicos: 1) Medidas de associação e matrizes, Teste de Mantel para matrizes de similaridade; 2) Reamostragem: Métodos Jackknife e Boostrap, Análise de agrupamento; 3) Técnicas indiretas de ordenação (análise de componentes principais, análise de coordenadas principais, escalonamento multidimensional não métrico, análise de correspondência); 4) Análise de variáveis canônicas ou de relações entre dois conjuntos de dados multidimensionais (análise de correlação canônica, análise de correspondência canônica, análise de redundância, análise de co-inércia; 5) Análise de variância multidimensional (MANOVA, PERMANOVA, MRPP, ANOSIM).
Bibliografia
Bocard, D.; Gillet, F. & Legendre, P. Numerical Ecology with R. Springer. 2011.
Cormen, T.H. Algoritmos: teoria e prática. Ed.Campus, Rio de Janeiro. 2002
Digby, P.G.N. & Kempton, R.A. Multivariate analysis of ecological communities. London: Chapman and Hall. 1996.
Krebs, C.J. Ecological methodology. New York: Harper & Row. 1989.
Legendre, L. & Legendre, P. Numerical ecology. Amsterdam: Elsevier Scientific Publishing Company. (Developments in Environmental Modelling). 1998.
Ludwig, J.A. & Reynolds, J.F. Statistical ecology: a primer on methods and computing. New York: John Wiley & Sons. 1988.
Oliveira, A.B. Métodos de Ordenação Interna. 1ªed., Visual Book. 2002.
Toscani, L.V. & Veloso, P.A.S. Complexidade de algoritmos: análise, projeto e métodos. 1ª ed.Instituto de Informática da UFRGS. 2002
Ziviani, N. Projeto de Algoritmos com implementação em C++ e Java. 1ªed., Thomson Learning, São Paulo. 2007.
Zuur, A.F.; Ieno, E. & Smith, G.M. Analysing ecological data. Springer. 2007.

Sistemática Filogenética
Créditos: 3       Carga Horária: 45 horas   Optativa: Mestrado e Doutorado
Ementa: Apresentar os fundamentos teóricos e práticos sobre o método evolutivo a partir de hipóteses filogenéticas com base nos seguintes tópicos: 1) Estudo e mapeamento de caracteres; 2) Construção de matrizes e cladogramas; 3) Polarização de caracteres, homologias, analogias, otimização de caracteres, ponderação de caracteres plesiomorfias, apomorfias; 4) Séries de transformação, algorítimos de busca, parcimônia, verossimilhança, bayesiana; 5) Métodos de consenso e notação parentética; 6) Utilidade e significado de
árvores não enraizadas; 7) Significado das categorias taxonômicas; 8) Taxonomia filogenética.
Bibliografia
Amorim, D. S. Fundamentos de sistemática filogenética. Editora Holos. 2002.
Goloboff, P. A. Estimating character weights during tree search. Cladistics, v.9, p.83-91. 1993.
Grandcolas, P. The Origin of Biodiversity in Insects: Phylogenetic Tests of Evolutionary Scenarios. Memoires du Museum National d'Histoire Naturelle, 173. 1997.
Hull, D. L. Science as a process: an evolutionary account of the social and conceptual development of science. University of Chicago Press, Chicago. 1988.
Huson, D. & Bryant, D. Applications of Phylogenetic Networks in Evolutionary Studies. Molecular Biology and Evolution,v.2, p.254-267. 2006.
Kitching, I. J.; Forey, P. L.; Humphries, C. J. & Williams, D. M. Cladistics: the theory and practice of parsimony analysis.Oxford University Press, second edition. 1998.
Nelson, G. & Platnick, N. I. Systematics and biogeography: cladistics and vicariance. Columbia University Press, New York. 1981.
Schuh, R.T. & Brower, A.V.Z. Biological systematics: principles and applications. Cornell University Press, Ithaca. 2009.
Wiley, E. O. & Lieberman, B. S. Phylogenetics: theory and practice of phylogenetic systematics, 2 ed. Wiley-Blackwell, Hoboken. 2011.
Williams, D.M. & Forey, P.L. Milestones in systematics. CRC Press. 2004.

Tópicos Avançados em Evolução e Diversidade Biológica
Créditos: 3       Carga Horária: 45 horas   Optativa: Mestrado e Doutorado
Ementa: Atualizar conhecimentos sobre a evolução dos seres vivos e os fatores que interferem na diversidade biológica em ambientes amazônicos com base nos seguintes tópicos: 1) Princípios básicos da evolução; 2) Evolução dos ecossistemas brasileiros; 3) Evolução da ciência mundial; 4) Padrões de diversidade biológica na Amazônia e parâmetros evolutivos; 5) Impactos ambientais na diversidade biológica; 6) Estratégias governamentais para conservação da biodiversidade.
Bibliografia
Alvarez, C.A.B. & Landeiro, M. Pollinators management in Brazil. Ministério do Meio Ambiente. 2008.
Amorim, D.S. Diversidade biológica e evolução: uma nova concepção para o ensino de zoologia e botânica no 2º grau. Editora Holos. 2001
Bizzo, N. Novas bases da Biologia. 1ªed. Ática. 2011
Futuyma, D. J. Evolução, Ciência e Sociedade. São Paulo: Editora de livros da Sociedade Brasileira de Genética. 2002.
Hoorn, C. & Wesselingh, F. Amazônia: landscape and species evolution a look into the past. Editora Wiley-Blackwell. 2013.
Lewinsohn, T.M. Evaluation of the State of Knowledge on Biological Diversity in Brazil. Biodiversidade 7. Ministério do Meio Ambiente. 2003.
Maury, C.M. Biodiversidade Brasileira - Avaliação e identificação de áreas e ações prioritárias para conservação, utilização sustentável e repartição de benefícios da biodiversidade brasileira. Biodiversidade 5. 2003.
Oliveira, M.L.; Baccaro, F.B.; Braga-Neto, R. & Magnusson, E.W. Reserva Ducke: biodiversidade através de uma grade. Áttema Design Editorial Ltda. 2008.
Peres, C.A.; Barlow, J.; Gardner, T.A. & Vieira, I.C.G. Biodiversidade em paisagens antropizadas do Brasil. Fundação Grupo Boticário: Editora UFPR. 2013.
Santos, C.M.D. & Calor, A. R. Ensino de biologia evolutiva utilizando a estrutura conceitual da sistemática filogenética-II. Ciência & Ensino, v1. 2007