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publicado 13/06/2018 10h05, última modificação 27/07/2023 08h33

PPGBE 005 - ANÁLISE DE DADOS BIOLÓGICOS I
Créditos: 3 Carga Horária: 45 horas Obrigatória: Mestrado
Ementa: Apresentar bases teóricas da estatística para aplicação em Ecologia e Evolução com base nos seguintes tópicos: 1) Medidas de tendência central, medidas de dispersão, testes de normalidade, transformação de dados, correlação, análise de freqüência; 2) Teste t, análise de variância; 3) Análise de regressão simples; 4) Análise de covariância; 5) Análise de regressão múltipla; 6) Análise de poder; 7) Testes não paramétricos.
Bibliografia
Agresti, A. An introduction to categorical data analysis. John Wiley & Sons, Inc. 393p. 2007.
Crawley, M.J. The R Book. 2th edition. Chichester, West Sussex, United Kingdom: Wiley, 1076p. 2013. Faraway, J.L. Extending the linear model with R: generalized linear, Mixed effects and nonparametric regression models. Chapman & Hall/CRC Taylor & Francis Group. 345p. 2005. Gotelli, N.J. & Ellison, A.M. Princípios de estatística em ecologia. Artmed. 2011
Zuur, A.F.; Leno, E.N.; Walker, N.; Saveliev, A.A.; Smith, G.M. Mixed effects models and extensions in ecology with R. Statistics for biology and health. Springer-Verlag, New York. 575p. 2009.

PPGBE 003 - BIOLOGIA EVOLUTIVA
Créditos: 3 Carga Horária: 45 horas Obrigatória: Mestrado e Doutorado
Ementa: Proporcionar conhecimentos sobre os processos evolutivos nas populações e fatores ambientais (bióticos e abióticos) que contribuem para a origem e manutenção da diversidade biológica com base nos seguintes tópicos: 1) Seleção natural, deriva genética, aptidão darwiniana, adaptação e especiação; 2) Demandas conflitantes, crescimento, longevidade, reprodução, idade, tamanho na maturidade, número x tamanho de descendentes, senescência, restrições Filogenéticas; 3) Ecologia Comportamental; 4) Seleção Sexual (Sistemas de Acasalamento, Cuidado Parental). 5) Interações ecológicas; 6) Evolução e conservação biológica; 7) Organização da evolução e variação morfológica e padrões de especiação, usando caracteres morfológicos, moleculares e temporais.
Bibliografia
Alcock, J. Comportamento animal: uma abordagem evolutiva. Artmed, Porto Alegre. 2010.
Begon, M.; Townsend, C.R. & Harper, J.L. Ecologia: de indivíduos a ecossistemas, 4 ed. Artmed, PortoAlegre. 2007. Carscaden, K.A.; Emery, N.C.; Arnillas, C.A. & Cadotte, M.W. Niche breadth: causes and consequences for ecology, evolution and conservation. The Quartery Review of Biology, 95 (3): 2020.
Danchin, E.; Giraldeau, L. A. & Cézilly, F. Behavioural ecology: an evolutionary perspective on behaviour. Oxford University Press, Cambridge. 2008.
Fox, C. W.; Roff, D. A. & Fairbairn, D. J. Evolutionary ecology: concepts and case studies. Oxford University Press, New York. 2001.
Freeman, S. & Herron, J.C. Análise evolutiva. 4ªed. Artmed. 2009.
Futuyma, D. J. Biologia evolutiva, 3ªed. FUNPEC, Ribeirão Preto. 2009.

Papadopoulou, A. & Knowles, L.L. Toward a paradigm shift in comparative phylogeography driven by trait-based hypotheses. Proceedings of the National Academy of Sciences, 113:8018-8024. 2016.

Pavan, S.E.; Jansa, S.A. & Voss, R.S. Molecular phylogeny of short-tailed Opossomus (Didelphidae: Monodelphis): Taxonomic implications and tests of evolutionary hypotheses. Molecular Phylogenetics and Evolution, 79:199-214.214. http://dx.doi.org/10.1016/j.ympev.2014.05.029
Raff R.A. & T.C. Kaufman. Embryos, genes, and evolution: developmental-genetic basis of evolutionary change. Indiana University Press. 1991.
Ridley, M. Evolução, 3 ed. Porto Alegre: Artmed. 2006.

Rosado, B.H.P.; Figueiredo, M.S.L.; Maltos, E.A. & Grelle, C.E.V. Eltonian shortfall due the Grinnellian view: functional ecology between the mismatch of nine concepts. Ecography, 39:1-8. 2016. doi:10.1111/ecog.01678.

Sober, E. & Wilson, D.S. Adaptations and natural selection revisited. Journal of Evolutionary Biology, 24:462-468. 2011. doi: 10.1111/j.1420-9101.2010.02162.x

PPGBE 004 - BIOGEOGRAFIA
Créditos: 3 Carga Horária: 45 horas Obrigatória: Mestrado e Doutorado
Ementa: Apresentar os principais aspectos da história do conhecimento biogeográfico, das principais escolas contemporâneas de biogeografia e reconstituir a história evolutiva das biotas com base nos seguintes tópicos: 1) Biota atual e seus componentes históricos; 2) Principais conceitos relativos à evolução do pensamento em biogeografia, estudo da geografia, clima e biota; 3) Conhecimento da geografia atual e passada do planeta e sua histórica climática; 4) Informações climáticas e suas relações com a distribuição de organismos e biomas em diferentes escalas.
Bibliografia
Anderson, D.E.; Goudie, A.S. & Parker, A.G. Global Environments Through the Quaternary. Exploring Environmental Change. Oxford University Press, Oxford e Nova Iorque. 2007.
Behrensmeyer, A.K. et al. Terrestrial Ecosystems Through Time. Evolutionary Paleoecology of Terrestrial Plants and Animals. The University of Chicago Press, Chicago e Londres. 1992.
Bonan, G. Ecological Climatology. Concepts and Applications. Cambridge University Press, Cambridge. 2002.
Breckle, S.W. Vegetation of the world. The ecological systems of the geo-biosphere. Springer Verlag, Berlim, Nova Iorque. 2002.
Brown, D.A.; Gersmehl, P.J. & Ziegler, S.S. Alternative biogeographies of the global garden. The Human Footprint. Kendall/Hunt Publishing Co. 2007.
Carvalho, C. J. B. & Almeida, E. A. B. Biogeografia da América do Sul. Padrões e Processos. Roca, São Paulo. 2011.
Cox, C.B. & Moore, P.D. Biogeography. an ecological and evolutionary approach. Eighth edition. John Wiley & Sons Inc., New Jersey. 2010.
Crowley, T.J. & North, G.R.Paleoclimatology. Oxford Monographs on Geology and Geophysics 18, Oxford University Press, Nova Iorque e Claredon Press, Oxford. 1991.
Lomolino, M.V.; Brett, R.R.; Whittaker, R.J. & Brown, J. H. Biogeography. Fourth edition. Sinauer Associates, Sunderland. 2010.
Lomolino, M.V.; Sax, D.F. & Brown, J.H. Foundations of biogeography: classic papers with commentaries. University of Chicago Press, Chicago. 2004.

PPGBE 014 - ANÁLISE DE DADOS BIOLÓGICOS II
Créditos: 3 Carga Horária: 45 horas Obrigatória: Doutorado
Ementa: Apresentar métodos avançados de modelagem estatística em biologia e ecologia com base nos seguintes tópicos: 1) Modelos lineares gerais e métodos de seleção de modelos com base na teoria da informação de Akaike; 2) Modelo linear generalizado (conceito, estimação, teste de hipótese, técnicas de diagnóstico); 3) Modelos lineares e generalizados mistos; 4) Seleção de modelos em Ecologia e Evolução.
Bibliografia
Bolker, B.M. Ecological models and data in R. Princeton University Press, Oxford. 2008.
Burnham, K.P. & Anderson, D.R. Model selection and multimodel inference: a practical information-theoretic approach. Springer. 2010.
Otto, S.P. & Day, T. A biologist's guide to mathematical modeling in ecology and evolution. Princenton, Princenton University Press, 310p. 2007.
Zuur, A.F.; Ieno, E.N.; Walker, N.J.; Saveliev, A.A. & Smith, G.M. Mixed effects models and extensions in ecology with R. Springer. 2009.

Zuur, A.F.; Leno, E.N.; Smith, G.M. Analysing ecological data. Springer-Verlag, 672p. 2007.

PPGBE 001 - GEOTECNOLOGIAS APLICADAS À BIODIVERSIDADE
Créditos: 3 Carga Horária: 45 horas Obrigatória: Doutorado
Ementa: Formar conhecimentos aplicados a análise da biodiversidade com base nos seguintes tópicos: 1) Noções de Cartografia para geoprocessamento; 2) Introdução ao geoprocessamento e princípios físicos de sensoriamento remoto;3) Comportamento espectral de alvos; formação de imagens de sensoriamento remoto; 4) Tipos de sensores, satélites e suas aplicações; 5) Introdução ao processamento digital de imagens; MNT; Obtenção de dados, TIN, Declividade,
Altimetria, Orientação de vertentes; 5) Hidrografia, extração de bacias hidrográficas, 6) Geração de buffer; integração de dados de sensoriamento remoto e dados ambientais; 7) Dados cadastrais, interpoladores, operações aritméticas entre mapas; 8) Introdução a geoestatística.
Bibliografia
Burrough, P.A. & McDonell, R. Principles of geographical information systems. Oxford University Press. 1998.
Jensen, J.R. Sensoriamento remoto do ambiente: uma perspectiva em recursos terrestres. São José dos Campos, SP: Parêntese. 2009.
Meneses, P.R. & Almeida, T. Introdução ao processamento de imagens de sensoriamento remoto. EDUSP. 2012.
MONICO, J.F.G. Posicionamento pelo NAVSTAR GPS: Descrição, fundamento e aplicação.São Paulo: Editora UNESP. 2000.
Moreira, M.A. Fundamentos de sensoriamento remoto e metodologias de aplicação. 4ªed., Editora UFV. 2011.
Novo, E.M.L.M. Sensoriamento remoto: princípios e aplicações. 3ªed. São Paulo: Edgard Blucher. 2008.
Ponzoni, F.J.; Shimabukuro, Y.E. & Kuplich, T.M. Sensoriamento remoto no estudo da vegetação. 2ª ed. Editora Parêntese. 2012.
Silva, R.A.; Pires, E.V.R.; Izippato, F.J. & Mirandola, P.H. geotecnologias aplicadas na identificação de APP (Área de Proteção Permanente) de nascentes no corrego das cruzes Selvíria (MS). Fórum Ambiental da Alta Paulista, v.7, n.2, p.1-15. 2011.
Smith, C.S.; McDonald, G.T. & Thwaites, R.N. TIM: Assessing the sustainability of agricultural land management. Journal of Environmental Management, v.60, p.267-288. 2000

PPGBE 013 - MUDANÇAS AMBIENTAIS E DIVERSIDADE BIOLÓGICA
Créditos: 4 Carga Horária: 60 horas Obrigatória: Doutorado
Ementa: demonstrar os conceitos ecológicos que embasam as estratégias conservacionistas em prol da conservação da biodiversidade com base nos seguintes tópicos: 1) Princípios conservacionistas aplicados a diferentes níveis de diversidade biológica; ameaças à biodiversidade; Políticas e estratégias de conservação da biodiversidade; 2) Diversidade Biológica: conceitos e medições; 3-Padrões de diversidade global; extinção e destruição de habitat; 4) Fragmentação, degradação e poluição de habitat; 5) Introdução de espécies exóticas; 6) Dispersão de doenças e problemas de pequenas populações (populações mínimas viáveis); 7) Estratégias de conservação Ex Situ; 8) Prioridades para proteção, Planejamento e manejo de áreas protegidas (SNUC); 9) Conservação de redes ecológicas de interações mutualistas e antagonistas e o uso de filogenias em estratégicas de conservação.
Bibliografia
Bernadini, P. O império ecológico, ou a subversão da ecologia pelo globalismo. 1 Edição, Editora Vide Editorial, 608p. 2015.
Fulan, J.A. Biologia da consevação no contexto amazônico. Editora FAPEAM, 163p. 2017.
La Rovere, E. Mudanças climáticas: o desafio do século. Rio de Janeiro, Fundação Konrad Adenauer, 172p. 2016.
Maia, F.S. O livro da Ecologia. 1 Edição, Editora Globo Livros, 352p. 2020.
Menezes, G.N.D.; Nunez, J.M.L. Docência em contextos de diversidade. Editora Brazil Publishing, 1198p. 2021.
Nelles, D.; Serrer, C.; Rabel, V. Mudança climática: os fatos como voce nunca viu antes. Editora Sextante, 145p., 2020.
Pinto-Coelho, R.M. Fundamentos em ecologia. 1 Edição, Editora Artmed, 252p. 2000.
Santos-Filho, F.S.; Almeida, E.B. Biodiversidade no Meio Norte do Brasil: conhecimentos ecológicos e aplicações. 1 Edição, Editora CVR, vol.2, 186p. 2018.
Silva, C.M.L.F. Mudanças climáticas e ambientais contextos educacionais e históricos. Natal: IFRN, 329 p. 2015.
Souza, M.L. Ambientes e territórios: uma introdução à ecologia política. 1 Edição, Editora Difel, 289p. 2019.

PPGBE 006 - AVANÇOS EM SISTEMÁTICA VEGETAL E DE FUNGOS
Créditos: 3 Carga Horária: 45 horas Optativa: Mestrado e Doutorado
Ementa: Apresentar e discutir as teóricas e métodos aplicados à Sistemática Vegetal moderna com base nos seguintes tópicos: 1) História de classificação; 2) Taxonomia e evolução dos grandes grupos vegetais atuais; 3) Nomenclatura botânica; 4) Uso de dados moleculares para reconstrução filogenética; 5) Chaves interativas; 6) Visão crítica dos mais recentes métodos aplicados à sistemática vegetal moderna; 7) Introdução a micologia; 8) Morfologia, fisiologia e classificação dos fungos amazônicos; 9) Sistemática e taxonomia de fungos; 10) Análise filogenética de fungos.
Bibliografia
Deacon, J.W. Fungal Biology. 4th ed. Malden, MA: Blackwell Publishers. 2005.
Forzza, R.C. et al. Catálogo de plantas e fungos do Brasil. Rio de Janeiro: Andrea Jakobsson Estúdio : Instituto de Pesquisas Jardim Botânico do Rio de Janeiro, 2130p. 2010.

Harris,B.J.;Harrison, C.J.; Hetherington, A.M. & Williams, T.A. Phylogenomic evidence for the monophyly of bryophytes and the reductive evolution os stomata. Current Biology, 30:2001-2012. 2020.

Hibbett, D.S. et al. A higher-level phylogenetic classification of the Fungi. Mycological Research, 111: 509-547. 2007.
Judd, W. S.; Campbell, C. S.; Kellogg, E. A.; Stevens, P. F. & Donoghue, M. J. Plant Systematics. A Phylogenetic Approach, 3rd ed. Sinauer Assoc., Sunderland .2007.
Raven, P.H.; Evert, R.F. & Eichhorn, S.E. Biologia vegetal. Editora Guanabara Koogan: Rio de Janeiro. 2001.
Salvi, M.B. Fungos basidiomicetos em biorremediação. EDUSP. 2011.
Soltis, D.E.; Soltis, P.S.; Endress, P.K. & Chase, M.W. Phylogeny and evolution of angiosperms. Sinauer Assoc., Sunderland. 2005.
Sotao, H.M.P. et al. Fungos Macroscópicos da Floresta Nacional de Caxiuanã, Pará, Brasil: Basidiomycota (Agaricomycetes). In: Lisboa, P.L.B. (Org.). Caxiuanã: desafios para a conservação de uma floresta nacional na Amazônia. Belém: Museu Paraense Emílio Goeldi. 2009.
Stuessy, T.F.; Hörandl, E. & Mayer, V. Plant systematics: a half-century of progress (1950-2000) and future chalenges. IAPT, Viena. 2001.
Wiley, E. O. & Lieberman, B. S. Introduction in phylogenetics: theory and practice of phylogenetic Systematics. Second Edition, John Wiley & Sons, Inc., Hoboken, NJ, USA. 2011.

PPGBE 009 - AVANÇOS EM SISTEMÁTICA ZOOLÓGICA
Créditos: 3 Carga Horária: 45 horas Optativa: Mestrado e Doutorado
Ementa: Apresentar e discutir as teóricas e métodos aplicados à Sistemática animal, a biologia evolutiva e ao da biodiversidade animal com base nos seguintes tópicos: 1) Importância do treinamento em Sistemática; 2) História da Sistemática; 3) A ciência Sistemática; 4) As escolas da Sistemática (Sistemática Evolutiva, Sistemática Filogenética, Sistemática Numérica); 5) Conceitos de Espécie (Biológico,Evolutivo,Filogenético); 6) Taxonomia (Caracteres taxonômicos, Interpretação dos caracteres taxonômicos, Coleções Zoológicas, Código de Nomenclatura Zoológica; 7) Sistemática Filogenética; 8) Uso de dados moleculares para reconstrução filogenética.
Bibliografia
Agarwal, V.K. Zoology for degree students. 1 Edição, Editora S.Chand, 944p. 2017
Cordeiro, S.T.P. Evolução biológica: atualizações na linha do tempo da teoria da evolução, 1 Edição, Editora InterSaberes, 350p. 2020.
Gullan, P.J.; Cranston, P.S. Insetos - fundamentos da entomologia, 5 Edição, Editora Guanabara Koogan, 460p. 2017.
Hickman Júnior, C.P.; Roberts, L.S.; Keen, S.; Einsenhour, D.J.; Larson, A.; Anson, H. Princípios integrados de zoologia. 16 Edição, Editora Guanabara Koogan, 954p. 2016.
Macalister, A. An introduction to animal morphology and systematic zoology. Invertebrata. 1 Edição, Editora Hard Press, 380p. 2020.
Oswald, C.B.; Dias, C.A.R.; Garbino, G.S.T.; Oliveira, J.C.P. Princípios de sistemática zoológica. 1 Edição, Editora PGZoo/UFMG, 77p. 2020.
Pough, F.H.; Janis, C.M.;Heiser, J.B. A vida dos invertebrados. 4 Edição, Editora Atheneu, 750p. 2013.
Rafael, J.A. Insetos do Brasil: diversidade e taxonomia, 1 Edição, Editora Holos, 810p. 2012.
Smith, D.G. Exploring zoology: a laboratory guide, 1 Edição, Editora Morton Publishing Company, 562p. 2015.
Vanzolini, P. Métodos estatísticos elementares em sistemática zoológica, 1 Edição, Editora Hucitec, 270p. 2015.

PPGBE 017- BASES PALEONTOLÓGICAS DA EVOLUÇÃO
Créditos: 3 Carga Horária: 45 horas Optativa: Doutorado
Ementa: Apresentar fundamentos teóricos e práticos sobre a origem e evolução da vida através do tempo geológico; compreender os processos geológicos relacionados a preservação do registro da biota nos estratos sedimentares (Tafonomia); compreender a relação da evolução da biota com eventos geológicos (tectônica de placas, eustasia, etc.), com parâmetros paleoambientais e paleoclimáticos em diferente escala geográfica (local, regional, global) e temporal.
Bibliografia
Boeger, W. O tapete de Penélope. Editora UNESP, 230p. 2009.
Carvalho, I.S. Paleontologia. 3º Edição, Editora Interciência. Rio de Janeiro, 1400p. 2011.
Eicher, D.L. Tempo geológico. Editora Edgar Blucher, 173p. 1968.
Futuyma, D.J.; Kirkpatrick, M. Evolution. Sinauer Associates is an imprint of Oxford University Press, 4th edition, 594p. 2017.
McAlester, A.L. História geológica da vida. Editora Edgar Blucher, 173p. 1969.
Ridley, M. Evolução. Editora Artmed, 752p. 2006.
Stephen, J.G. Seta do tempo, ciclo do tempo. Companhia das letras, 221p. 1991.

Stephen, J.G. Vida maravilhosa. Companhia das letras, 392p. 1990.

Shubin, N. A história de quando éramos peixes. Uma revolucionária teoria sobre a origem do corpo. Editora Campus, 191p. 2008.

PPGBE 011 - ECOLOGIA DE PAISAGEM

Créditos: 3 Carga Horária: 45 horas Optativa: Mestrado e Doutorado
Ementa: Apresentar os fundamentos teóricos da Ecologia de Paisagens e a aplicação de técnicas para descrição de padrões em paisagens. Espera-se que após a disciplina os alunos assimilem o arcabouço teórico básico e sejam capazes de analisar padrões afim de inferir processos, na escala adequada. Os seguintes tópicos são abordados: 1) Conceitos de paisagem, padrões e processos, escala, tempo e espaço; 2) Modelos de paisagem, Estrutura da paisagem, métricas de estrutura; 3) Conectividade estrutural e funcional; 4) Alterações na paisagem, Biogeografia de ilhas, Limiares de extinção e 5) Genética de paisagens.
Bibliografia
Awade, M.; Boscolo, D.; Metzger, J.P. Using binary and probabilistic habitat availability indices derived from graph theory to model bird occurrence in fragmented forests. Landscape Ecology, v.27, p.185-198. 2012.
Balkennhol, N.; Cushman, S.; Storfer, A.; Waits, L. Landscape genetics: concepts, methods, applications. John Wiley & Sons. 2015.
Dale, M.R.T.; Fortin, M.J. Spatial analysis: a guide for ecologists. Cambrigde. 2005.
Fardila, D. et al. A systematic review reveals changes in where and how we have studied habitat loss and fragmentation over 20 years. Biological Conservation, v.12, p.130-138. 2017.
Farneda, F.Z. et al. Trait-related responses to habitat fragmentation in Amazon bats. Journal of Applied Ecology, v.52, p.1381-1391. 2015.
Harris, J.A. et al. Ecological restoration and global climate change. Restoration Ecology, v.14, p.170-176. 2006.
Libran-Embid, F. et al. Effects of bird and bat exclusion on coffee pest control at multiple spatial scales. Landscape Ecology, v.32, p.1907-1920. 2017.
Metzger, J.P. O que é ecologia de paisagens? Biota Neotropica, v.1, n.12. 2001. Disponível em: http://www.biotaneotropica.org.br/v1n12.
Miranda, L.S.; Awade, M.; Jaffé, R.; Costa, W.F.; Trevelin, L.C.; Borges, R.C.; Brito, R.M.; Tambosi, L.R.; Giannini, T.C. Combining connectivity and species distribution modeling to define conservation and restoration priorities for multiple species: a case study in the Eastern Amazon. Biological Conservation, 257:109148. 2021. Parrota, J.A.; Knowles, O.H. Restoring tropical forests on lands mined for bauxite: examples from the Brazilian Amazon. Ecological Engineering, v.17,p.219-239. 2001. Turner, M.G.; Gardner, R.H. Landscape ecology in theory and practice: pattern and process. Spring-Verlag. 2016. Uezu, A.; Metzger, J.P. Time-lag in responses of birds to Atlantic Forest fragmentation: restoration opportunity and urgency. PLos ONE, v.11, p.e0147909. 2016. Wu, J.; Hobbs, R.J. Key topics in landscape ecology. Cambridge University Press. 2007.

PPGBE 018 - EVIDÊNCIAS MORFOLÓGICAS APLICADAS A SISTEMÁTICA E TAXONOMIA
Créditos: 3 Carga Horária: 45 horas Optativa: Doutorado
Ementa: Proporcionar conhecimentos sobre os principais caracteres morfológicos e aspectos evolutivos na sistemática e taxonomia de animais e plantas com base nos seguintes tópicos: 1) Introdução: desenvolvimento da Sistemática, com ênfase na situação do Brasil; 2) Importância da Sistemática moderna na conservação biológica; 3) Evolução recente da integração da Sistemática com outras disciplinas; 4) Papel das coleções biológicas na Sistemática: ontem, hoje e amanhã; 5) As coleções biológicas e a Sistemática associada no Brasil situação atual, limitações para o crescimento e prerrogativas para aprimoramento; 7) Estruturas evolutivas nos seres vivos; 8) Adaptações morfológicas e o meio ambiente.
Bibliografia
Bresinsky, A.; Korner, C.; Kadereit, J.W.; Nauhaus, G.; Sonnewald, U. Tratado de Botânica de Strasburger, 36 Edição, Editora Artmed, 1192p. 2012.
Cordeiro, S.T.P. Evolução biológica: atualizações na linha do tempo da teoria da evolução. 1 Edição, Editora InterSaberes, 350p. 2020.
Kardong, K.V. Vertebrados: anatomia comparada, função e evolução. 7 Edição, Editora Roca, 824p. 2016.
Macalister, A. An introduction to animal morphology and systematic zoology. Invertebrata. 1 Edição, Editora Hard Press, 380p. 2020.
Oliveira, F.; Saito, M.L. Práticas de morfologia vegetal. 2 Edição, Editora Atheneu, 136p. 2016.
Pantoja, S. Sistemática vegetal. Primeiros passos. 1 Edição, Editora Technical Books, 96p. 2016.
Pechenik, J.A. Biologia dos invertebrados. 7 Edição, Editora AMGH, 628p. 2016.
Souza, V.C.; Lorenzi, H. Botânica sistemática. 4 Edição, Editora Instituto Plantarum, 345p. 2019.
Souza, V.C.; Lorenzi, H. Chave de identificação para as principais famílias de angiospermas e gimnospermas nativas e cultivadas do Brasil. 3 Edição, Editora Plantarum, 32p. 2014.
Thygeson, A.S. Planeta dos insetos: Estranhos. Úteis. Fascinantes. Saiba tudo sobre os minúsculos seres dos quais depende nossa vida. 1 Edição, Editora Matrix, 192p. 2019.

PPGBE 010 - EXPERIMENTAÇÃO E ANÁLISE DE BIODIVERSIDADE EM CAMPO
Créditos: 3 Carga Horária: 45 horas Optativa: Mestrado e Doutorado
Ementa: Demonstrar em campo as aplicações e observações de fatos, formulações de questões, registros de dados, descrições e delineamentos experimentais com base nos seguintes tópicos: 1) Revisão de conceitos teóricos; 2) Planejamento de expedições; 3) Práticas de campo, definição dos projetos de pesquisa, coleta de dados e/ou de material biológico; 4) Experimentação e elaboração de hipóteses e modelos; 5) Análises moleculares do material coletado; 6) Análise dos dados, elaboração e apresentação de relatórios.
Bibliografia
Armstrong, D.L.P.; Barboza, L.M.V. Metodologia do ensino de ciências biológicas e da natureza. 1 Edição, Editora InterSaberes, 232p.2012.
Carvalho, A,M.P.; Scarpa, D.L.; Sasseron, L.H.; Sedano, L.; Silva, M.B.; Capecchi, M.C.V.M.; Adib, M.L.V.S.; Briccia, V. Ensino de ciências por investigação: condições para implementação em sala de aula. 1 Edição, Editora Cengage Learning, 164p. 2013.
Delizoicov, D.; Angotti, J.A.; Pernambuco, M.M. Ensino de ciências - fundamentos e métodos. 5 Edição, Editora Cortez, 288p. 2018.
Lopes, R.J. Darwin sem frescura. 1 Edição, Editora Harper Collins, 256p. 2019
Marandino, M.; Selles, S.E.; Ferreira, M.S. Ensino de biologia: histórias e práticas em diferentes espaços educativos. 1 Edição, Editora Cortez, 216p. 2018.
Martin, P. & Bateson, P. Measuring behaviour: an introductory guide. 3ª ed. Cambridge University Press, Cambridge. 2007.
Reece, J.; Wasserman, S.A.; Urry, L.A.; Cain, M.L.; Minorski, P.V.; Jackson, R.B. Biologia de Campbell. Editora Artmed, 10 Edição, 1488p. 2015.
Silva, Al.L.S.; Moura, P.R.G. Atividade experimental problematizada (AEP): ensino experimental de ciências - uma proposta. 1 Edição, Livraria Física, 174p. 2018.
Storck, L.; Garcia, D.C.; Lopes, S.J.; Estefanel, V. Experimentação vegetal, Edição, Editora UFSM, 200p. 2016.

PPGBE 016 - DIVERSIDADE BIOLÓGICA E ESTRUTURA FUNCIONAL DE COMUNIDADES EM R
Créditos: 3 Carga Horária: 45 horas Optativa: Doutorado
Ementa: Discutir as bases teóricas e metodológicas para a pesquisa na fronteira do conhecimento da diversidade biológica e da ecologia funcional com base nos seguintes tópicos: 1) Biodiversidade: definições e funcionalidades; 2) Atributos biológicos e funcionais; 3) Atributos-resposta e atributos-efeito; 4) Estrutura funcional de comunidades; 5) Métricas de estrutura e diversidade funcional; 6) Regras de assembléia: convergência e divergência de caracteres; 7) Atributos funcionais como indicadores de alterações ambientais; 8) Análise de dados envolvendo comunidades, atributos funcionais e dados ambientais.
Bibliografia
Cadotte, M.W.; Davies, T.J. Phylogenies in Ecology: a guide to concepts and methods. Princeton University Press, 252p. 2016.
De Bello, F.; Carmona, C.P.; Dias, A.T.C.; Gotzenberger, L.; Moretti, M.; Berg, M.P. Handbook of trait-based ecology: from theory to R tools. Cambridge University Press, 295p. 2021.
Garnier, E.; Navas-M.L.; Grigulis, K. Plant functional diversity: organisms traits, community structure and ecosystem properties. Oxford University Press, 231p. 2016.
Pla, L.; Casanoves, F.; Rienzo, J.D. Quantifying functional biodiversity. Springer, 98p. 2012.
Shipley, B. From plants traits to vegetation structure. Cambridge University Press, 277p. 2010.

PPGBE 008 - FILOGEOGRAFIA
Créditos: 3 Carga Horária: 45 horas Optativa: Mestrado e Doutorado
Demonstrar conhecimentos básicos para fundamentar a filogeografia sob uma perspectiva histórico populacional com base nos seguintes tópicos: 1) histórico e conceitos básicos da filogeografia; 2) abordagens frequencistas e filogeográficas; 3) abordagens genealógicas e teoria da Coalescência; 4) Métodos de Análises filogeográficas; 5) Processos Demográficos e divergência entre linhagens.
Bibliografia
Avise, J.C. Phylogepgraphy. The history and formation of species. Havard University Press, London. 2000.
Avise, J.C. Molecular Markers, Natural History, and Evolution. 2ªed., Chapman & Hall. NewYork, USA. 2004.
Cox, C.B. & Moore, P.D. Biogeography. An ecological and evolutionary approach. 7ªed., Blackwell Pub. Oxford, UK. 2005 Dutheil, J.Y. Statistical populations genomics, Humana. New York, NY. https://doi.org/10.1007/978-1-0716-0199-0.2020
Felsenstein, J. Inferring phylogenies. Sinauer Associates Inc., Sunderland, Massachussetts,USA. 2004.
Hartl, D.L. & Clark, A.G. Principles of population genetics. 3ªed. Sinauer Associates Inc.,Sunderland, Massachussetts, USA. 1997.
Hartl, D.L. & Clark AG. Princípios de Genética de População. 4ªed., Artmed. 2010.
Hein, J.; Schierup, M.H. & Wiuf, C. Gene genealogies, variation and evolution. A primer on coalescent theory. Oxford Univeristy Press, Oxford UK. 2005.
Lemey, P., M. Salemi & A. Vandamme. 2009. The Phylogenetic handbook: a practical approach to phylogenetic analysis and hypothesis testing. Cambridge University Press.
Nei, M. & Kumar, S. Molecular evolution and phylogenetics. Oxford University Press, Oxford,UK. 2000.

PPGBE 020 - INTRODUÇÃO À LINGUAGEM R
Créditos: 3 Carga Horária: 45 horas Optativa: Mestrado e Doutorado
Ementa: 1) Introdução: O que é o R. História do R. Instalando o R. Instalando pacotes. Usando o R. R scripts. Editores para o R. Pacotes; 2) Objetos R: vetores atômicos, atributos no R; coerção no R; listas, data frames. 4) Obtendo dados no R: Primeiros passos. Leitura e gravação de dados; 3) Como acessar variáveis e manipulação de dados no R; 4) Funções básicas no R e sua aplicação; 5) Ciclos e Funções: Introdução a ciclos. Funções; 6) Notação no R; modos de indexação, operadores Booleanos; 7) Ambientes R(ambiente ativo, regras de investigação, atribuição, avaliação). 7) Introdução às ferramentas básicas para gráficos: função plot. Símbolos, cores e tamanho dos caracteres; 8) Ferramentas gráficas: Pie Chart, Bar Chart, Strip Chart, Boxplot, Cleveland dotplots, plot, pairplot, coplot; 9). Introdução ao pacote ggplot2 (funções gráficas high-level); 10) Erros comuns no R (problemas para importar dados, uso da função attach, etc.).
Bibliografia
Chambers, J.M. Programming with Data: a guide to the S Language. Springer-Verlag, 469p. 2004.
Crawley, M.J. The R Book. Second Edition. Jonh Wiley & Sons, Ltd. 1051 pp. 2013.
Dalgaard, P. Introductory Statistics with R. Springer. 265pp. 2002.
Gillespie, C.; Lovelace, R. Efficient R Programming. O'Reilly, 203p. 2017.
Grolemund, G. Hands-on Programming with R. O'Reilly, 230p. 2014.
Hadley,W. ggplot2: elegant graphics for data analysis. Springer-Verlag, 212p. 2009.

Leno, E.; Zuur, A.F. A beginner's guide to data exploration and visualisation with R. Highland Statistics Ltd., 164p. 2015.

Peternelli, L.A.; Mello, M.P. Conhecendo o R. Uma visão estatística. Editora da UFV. 123p., 2012.

Spector, P. Data manipulation with R. Springer-Verlag, 152p. 2008.

Venables, W.; Ripley, B.D. S Programming. Springer-Verlag, 400p. 2004.

Zuur, A.F.; Leno, E.N.; Meesters, E.H.W.G. A beginner's guide to R. Springer-Verlag, 218p. 2009.

PPGBE 002 - REDAÇÃO E COMUNICAÇÃO CIENTÍFICA
Créditos: 2 Carga Horária: 30 horas Optativa: Mestrado e Doutorado
Ementa: Formar pensamento crítico e aplicado sobre os mecanismos de redação científica e suas estratégias de comunicação e socialização com base nos seguintes tópicos: 1) Método científico, hipóteses e teorias; 2) Elaboração de projeto de pesquisa; 3) Ética e autoria em textos científicos; 4) Seções de um texto científico; 5) Redação de textos científicos; 6) Divulgação científica, qualidade de produção e importância de escrever; 7) Meios de divulgação e publicação; processo de revisão do texto; 8) Algumas regras das línguas portuguesa e inglesa.
Bibliografia Aquino I.S. Como escrever artigos científicos sem arrodeio e sem medo da ABNT. Editora Saraiva, 7 Edição, 126p. 2010. Associação Brasileira de Normas Técnicas. NBR 14724: Informação e documentação trabalhos acadêmicos; apresentação. Rio de Janeiro. 2011. Barbosa, M. Comunicação e método. Cenários e práticas de pesquisa. Ediora Mauad, 1 Edição, 164p. 2020. Ferraz, R.R.N.; Barnabé, A.S.; Fornari, J.V. Redação científica, princípios e estatística e bases de epidemiologia para simples mortais. Erechim, Editora Deviant, 313p. 2016.
Luckman, A.P.; Burin, C.K. Manual de comunicação científica. Instituto Federal de Santa Catarina. Publicações, IFSC, 47p. 2016.
Medeiros, J.B. Redação científica - práticas de fichamento, resumos e resenhas. Editora Atlas, 12 Edicão, 368p. 2019.
Mendes, A.M.C.P.; Pompermayer, C.B.; Lago, D.F.L. Guia de redação científica. Curitiba, FAE Centro Universitário, 28p. 2014.
Moura, G.R.S. Manual técnico de metodologia científica: como desenvolver pesquisas e redigir trabalhos em cursos de gradução e pós-graduação. Bauru, FATEC, 32p. 2015.
Neto, A.F.; Santos, W.A. A comunicação científica em periódicos. Curitiba, Editora Appris, 423p. 2019.
Rosa, C.P.F.; Tonnetti, F. Fronteiras e interfaces da comunicação científica. Salvador, EDUFBA, 265p. 2016.

PPGBE 019 - TÉCNICAS DE ORDENAÇÃO E CLASSIFICAÇÃO
Créditos: 3 Carga Horária: 45 horas Optativa: Doutorado
Ementa: Apresentar métodos multidimensionais de análise exploratória de dados com
base nos seguintes tópicos: 1) Medidas de associação e matrizes, Teste de Mantel para matrizes de similaridade; 2) Reamostragem: Métodos Jackknife e Boostrap, Análise de agrupamento; 3) Técnicas indiretas de ordenação (análise de componentes principais, análise de coordenadas principais, escalonamento multidimensional não métrico, análise de correspondência); 4) Análise de variáveis canônicas ou de relações entre dois conjuntos de dados multidimensionais (análise de correlação canônica, análise de correspondência canônica, análise de redundância, análise de co-inércia; 5) Análise de variância multidimensional (MANOVA, PERMANOVA, MRPP, ANOSIM).
Bibliografia
Bocard, D.; Gillet, F. & Legendre, P. Numerical Ecology with R. Springer. 2 Edition. 450p. 2018.
Digby, P.G.N. & Kempton, R.A. Multivariate analysis of ecological communities. London: Chapman and Hall. 1996.
Husson, F.; Lê, S. & Pagés, J. Exploratory multivariate analysis by example using R. Chapman & Hall/CRC. Computer Science & Data Analysis Series. 248p. 2017. Kassambara, A. Practical guide to cluster analysis in R: unsupervised machine learning. Sthda, Multivariate analysis, 1 Edition. 187p. 2017. Kassambara, A. Practical guide to principal component methods in R. Multivariate analysis II. Sthda, 1 Edition, 155p. 2017. Krebs, C.J. Ecological methodology. New York: Harper & Row. 254p. 1989.
Legendre, L. & Legendre, P. Numerical ecology. Amsterdam: Elsevier Scientific Publishing Company. (Developments in Environmental Modelling).1998. Zuur, A.F.; Leno, E. & Smith, G.M. Analysing ecological data. Springer-Verlag, 310p. 2007.

PPGBE 007 - SISTEMÁTICA FILOGENÉTICA
Créditos: 3 Carga Horária: 45 horas Optativa: Mestrado e Doutorado
Ementa: Apresentar os fundamentos teóricos e práticos sobre o método evolutivo a partir de hipóteses filogenéticas com base nos seguintes tópicos: 1) Estudo e mapeamento de caracteres; 2) Construção de matrizes e cladogramas; 3) Polarização de caracteres, homologias, analogias, otimização de caracteres, ponderação de caracteres plesiomorfias, apomorfias; 4) Séries de transformação, algorítimos de busca, parcimônia, verossimilhança, bayesiana; 5) Métodos de consenso e notação parentética; 6) Utilidade e significado de
árvores não enraizadas; 7) Significado das categorias taxonômicas; 8) Taxonomia filogenética.
Bibliografia
Amorim, D. S. Fundamentos de sistemática filogenética. Editora Holos. 2002.
Felsenstein, J. Inferring phylogenies. Sinauer Associates, Inc., Sunderland. 2004.
Hull, D. L. Science as a process: an evolutionary account of the social and conceptual development of science. University of Chicago Press, Chicago. 1988.

Kitching, I. J.; Forey, P. L.; Humphries, C. J. & Williams, D. M. Cladistics: the theory and practice of parsimony analysis.Oxford University Press, second edition. 1998.

Lemey, P.; Salemi, M.; Vandamme, A. The phylogenetic handbook: a practical approach to phylogenetic analysis and hypothesis testing. Cambridge University Press, Cambridge. 2009.
Nelson, G. & Platnick, N. I. Systematics and biogeography: cladistics and vicariance. Columbia University Press, New York. 1981. Oswald, C.B.; Dias, C.A.R.; Garbino, G.S.T.; Oliveira, J.C.P. Princípios de Sistemática Zoológica. PGZoo UFMG, Belo Horizonte. 2000. Schneider, H. Métodos de análise filogenética. 4th Edition. Chiado Editora, Lisboa. 2018.
Schuh, R.T. & Brower, A.V.Z. Biological systematics: principles and applications. Cornell University Press, Ithaca. 2009. Wheeler, W.C. Systematics: A course of lectures. Wiley-Blackwell, Oxford. 2012.
Wiley, E. O. & Lieberman, B. S. Phylogenetics: theory and practice of phylogenetic systematics, 2 ed. Wiley-Blackwell, Hoboken. 2011.
Williams, D.M. & Forey, P.L. Milestones in systematics. CRC Press. 2004.

PPGBE 015 - TÓPICOS AVANÇADOS EM EVOLUÇÃO E DIVERSIDADE BIOLÓGICA
Créditos: 3 Carga Horária: 45 horas Optativa: Mestrado e Doutorado
Ementa: Atualizar conhecimentos sobre a evolução dos seres vivos e os fatores que interferem na diversidade biológica em ambientes amazônicos com base nos seguintes tópicos: 1) Princípios básicos da evolução; 2) Evolução dos ecossistemas brasileiros; 3) Evolução da ciência mundial; 4) Padrões de diversidade biológica na Amazônia e parâmetros evolutivos; 5) Impactos ambientais na diversidade biológica; 6) Estratégias governamentais para conservação da biodiversidade.
Bibliografia
Carareto, C.M.A.; Monteiro-Vitorello, C.B. & Vn Sluys, M.A. Elementos de transposição: Diversidade, evolução, aplicações e impacto nos genomas dos seres. Editora FioCruz. 196p. 2015.
Castells, M. Outra economia é possível: cultura e economia em tempos de crise. 1 Edição. Editora Zahar. 296p. 2019.
Cordeiro, S.T.P. Evolução biológica: atualizações na linha do tempo e da teoria da evolução. 1 Edição. Editora InterSaberes. 350p. 2020.
Davies, N. & Scobie, L. A diversidade da vida. Jacarandá Editora. 450p. 2018.
Favaretto, J.A. Biologia: unidade e diversidade. Editora FTD Educação. 832p. 2015.
Ingold, T. Evolução e vida social. 1 Edição. Editora Vozes. 456p. 2019.
Magaldi, S. & Neto, J.S. Estratégia adaptativa: o novo tratado do pensamento estratégico. 1 Edição. Editora Gente. 304p. 2020.
Pureza, F.; Pellin, A. & Pádua, C. Unidades de conservação. Editora Matrix. 240p. 2015.
Reece, J.B.; Wasserman, S.A.; Urry, L.A.; Cain, M.L.; Minorsky, P.V.; Jackson, R.B.; Machado, D.C.; Renard, G. & Oliveira, P.L. Biologia de Campbell. 10 Edição. Editora Artmed. 1488p. 2015.
Salzano, M.F. Genômica e evolução: moléculas, organismos e sociedades. 1 Edição. Editora Oficina de Textos. 272p. 2012.

PPGBE 012- Estágio em Docência

Carga Horária: 60 horas (Doutorado)

Carga Horária: 30 horas (Mestrado)

Ementa: Partcipar de estágio acadêmico como aprendizado didático em horas teóricas e práticas em disciplinas de graduação da área de Ciências Biológicas e afins ao Programa de Pós-Graduação.

Bibliografia

Almeida, M.I.& Pimenta, S.G. Estágios supervisionados na formação docente. 1 Edição. Editora Cortez. 160p. 2014.

Aroeira, K.P. & Pimenta, S.G. Didática e estágio. 1 Edição. Editora Appris. 183p. 2018.

Buriola, M.A.F. O estágio supervisionado. 7 Edição. Editora Cortez. 184p. 2018.

Calderano, M.A. O estágio curricular e a docência compartilhada. Editora Appris. 240p. 2017.

Carvalho, A.M.P. Os estágios nos cursos de licenciatura. 1 Edição. Editora Cengage Learning. 192p. 2012.

Gomes, M.O. Estágios na formação de professores. 1 edição. Edições Loyola. 224p. 2011.

Lima, M.S.L. & Pimenta, S.G. Estágio e Docência. 8 Edição. Editora Cortez, 312p. 2017.

Metz, M.C. & Gipiela, A.C. estágio supervisionado: da docência à gestão na Educação Básica. Editora Fael. 340p. 2011.

Muniz, M.C. & Pienta, A.C.G.Estágio supervisionado - da docência à gestão na Educação Básica. Editora Fael. 187p. 2011.

Rebolo, F.; Teixeira, L.R.M.& Perrelli, M.A.S. Docência em questão. Editora Mercado de Letras. 362p. 2019.

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